導致畸形兒產生的內因主要是遺傳。這是由來自父母親的遺傳物質的異常而造成的。人體內的遺傳物質存在于細胞核內的染色體上。通常染色體是穩定的，但在日常生活中一些不良因素(如放射線、藥物、疾病，被污染的水、空氣等)的影響下，染色體的數目、結構可發生異常，而染色體上的一個或多個基因(決定遺傳性狀的功能單位)發生了突變，則可造成畸胎。
近親結婚嚴重影響優生。某些遺傳性疾病，致病基因是隱性的，只有當夫婦雙方都攜帶這種隱性基因且結合時，后代才明顯發病。非近親婚配時，兩個相同致病基因互相遇合而引起發病的可能性較低，而近親結婚的夫婦，由于他們的基因來自同一祖先，雙方攜帶有相同致病基因的可能性明顯大于一般群體，子女中某些遺傳性疾病的發病率就遠遠高于非近親結婚者所生的孩子，因此近親之間應禁止通婚。