胎兒解剖構造檢查之細項包括：
1.頭頸部：腦室、脈絡叢、透明中隔。
2.胸廓：心臟的四腔室。
3.腹部：胃、腎、膀胱、臍帶與腹壁連結處。
4.脊椎。
5.肢體。
6.性別：為非必要之檢查。
限定作用的檢查
在急診時，孕婦陰道出血，婦產科醫師即可用超聲波斷定是否為流產或其他原因；如果疑似胎位不正，可用超聲波鑒定胎兒的先露部位。
特別的檢查(由專家來做)
當基本的檢查有疑慮時，要實施特別的掃描。如心臟掃描、多普勒血流檢查等。
產檢超聲波的掃描死角
二維超聲波顯現出來的畫面，必須是經過專業訓練的醫護人員才能看出個所以然，也因此造成孕媽媽們的疑慮。孫三源醫師說，孕婦在接受產檢超聲波時，醫師一般都會邊照邊說明，讓孕婦有參與感，也讓她們比較放心。但是，通常也只能告訴孕婦“這是寶寶的手，這是寶寶的腳”，卻不能肯定地告訴孕婦“手都是5指，而且沒有相連”。孫三源醫師指出，通過超聲波檢查可以協助醫師了解子宮內胎兒的解剖狀況，但是卻無法得知胎兒的智力、視力或聽力等生理功能是否正常。另外，如果是因為基因、染色體的異常所造成的病變，也無法通過B超檢查得知。
哪些因素影響檢查效果
孫三源醫師表示，目前超聲波對胎兒解剖結構異常的篩查幾率已經非常高，但也并非100%，因為檢查時還要受儀器的分辨率、胎兒的成長狀況、觀察者的經驗等因素影響，再加上檢查是間斷性，而不是持續性的，有些畸形不一定能準確發現。
超聲波的特性
1.聲波的特性：超聲波是一種人耳聽不見的聲波，其最大的物理局限就是不能夠穿透空氣和高密度的固體。如果孕婦脂肪較厚也會妨礙檢查。
2.解析度：超聲波的分辨率無法辨識出胎兒微小的缺陷。如較小的心室中隔缺損或動脈弓狹窄，不易經由超聲波診斷出來。又如神經管缺損通常位于尾脊處，產前也不容易利用超聲波發現。
因此，如果有羊水量過多或過少、胎兒周數較大骨頭已鈣化、孕婦腹部脂肪層較厚等情況時，胎兒的細部構造都無法看清楚。