先治療再手術
若持續復健治療6個月仍沒有明顯的改善，或是雖有改善，但仍有明顯的頭頸部傾斜或臉部兩側不對稱的情形，此時就必須考慮手術治療。手術的方式主要是根據斜頸的原因采取不同的手術方法。
肌源性斜頸 主要的手術方式是胸鎖乳突肌筋膜切開術或是胸鎖乳突肌延長手術。手術的傷口1～2厘米，不但能達到肌肉放松的目的，也不會造成不美觀的狀況。
頭頸部感染造成的斜頸 抗生素治療若沒有明顯的改善，就必須考慮用切開引流手術，以徹底去除感染源。
神經性斜頸 也是要根據病變的部位及病變的程度，而有不同的手術方法。
骨源性斜頸 必須針對有問題的骨骼或關節做處理，有時做截骨矯正手術可矯正變形，有時還必須做骨骼關節融合手術。
早期診斷·早期治療
新生兒斜頸治療的預后，跟斜頸的原因有很大的關系。大部分的肌源性斜頸，若能及早發現、及早治療，通常都能獲得良好的治療效果，甚至只靠復健拉筋也能痊愈。
若在寶寶3個月大前就診斷出斜頸并開始治療，則幾乎所有的寶寶不需手術就能痊愈。
若3～6個月之間才診斷出來并開始治療，則有25%的寶寶需要接受手術。
若6～18個月才開始治療，則有75%的寶寶需要接受手術。
若大于18個月才開始治療，則幾乎100%的寶寶需要接受手術。
所幸在接受手術治療后，大部分的寶寶都能得到不錯的預后結果。不過，骨源性及神經源性的斜頸預后就沒有肌源性斜頸這么好。有時為了讓骨骼關節穩定而做的關節融合手術，反而會造成頭頸部僵硬的后遺癥。但無論如何，盡早發現斜頸并開始治療，是非常重要的，因為越早治療則治療方式越簡單且治療效果越好。
家長與醫護人員配合
新生兒斜頸是新生兒常見的頭頸部問題，有相當多的原因會造成斜頸，而不同的原因有不同的治療方式，這需要專業的醫師仔細評估后才能決定哪一種治療方式最適合。
新生兒斜頸的治療是越早開始效果越好，而一個完善的治療計劃，需要家長與醫護人員配合，持續努力才能得到好的結果。