神經系統 應引出Moro反射，吸吮反射和覓食反射。正常情況下，深部腱反射應存在并兩側對稱。
皮膚 皮膚通常是紅潤的，但在生后最初幾小時常出現手足發紺。幾天后發生干燥，蛻皮，尤其是足踝和手腕皺褶處。因為分娩時受產道擠壓，頭位娩出的嬰兒在頭面部可見到瘀斑，但若見于臍以下部位皮膚時，則表示有異常。在妊娠24周以后，新生兒體表大多覆蓋一層胎脂，妊娠40周后逐漸消失。
頭部 頭位產時頭部可變形，有顱縫重疊和頭皮水腫和/或瘀斑(產瘤)。臀位產時，頭部通常不變形，水腫，瘀斑出現在先露部位(如臀，生殖器或足)。囟門直徑變化從指尖至幾個厘米。頭顱血腫是血液聚集在骨和骨膜之間而產生的一個不超過骨縫的腫脹。可發生于一側或兩側頂骨，偶見于枕骨。頭顱血腫通常在生后最初幾小時，水腫消失前不明顯，幾個月后才逐漸消失，不必抽吸。
由于宮內胎位影響可能會出現面部不對稱。但當嬰兒啼哭時有鼻唇溝和眼周皺紋不對稱，應疑及面神經癱瘓。
眼睛睜開時兩眼應對稱，瞳孔等大，有對光反應，眼底清晰可見。如果以直接檢眼鏡檢查有紅光反射，可排除玻璃體混濁。鞏膜出血是常見的。
耳朵的檢查可確定胎齡，尚須檢查耳朵的位置；耳位低常標志有腎臟或遺傳性疾病。耳道應該是張開的并可看得見鼓膜。廉價手提式聽力測定器雖可測試新生兒聽力，但在總體篩查中，其可靠性和有效性尚待證實。腦干聽覺誘發反應的測試可應用于高危病人，應該仔細詢問有無家族性耳聾病史，胎兒期風疹，新生兒黃疸或母親或新生兒曾否接受氨基糖苷類抗生素治療。
口腔應檢查上腭和懸雍垂完整與否，有無牙齦囊腫和先天性舌系帶過短(舌系帶短縮)。在硬腭上出現小珠樣隆起(Epstein小結)和小潰瘍(Bednar口瘡)是正常的。另外還需檢查嬰兒的吸吮能力。
腹部 由于10%的新生兒可有腹部畸形，需要在生后頭幾天內仔細觀察，包括腎臟和其他器官形狀，大小或位置的異常。正常情況下，肝臟在肋緣下1~2cm處可觸及，脾尖很容易被觸及。一般兩側腎臟均可觸及，左側比右側更容易觸及，若不能觸及腎臟，可能存在腎缺失或發育不全。巨大腎可能由梗阻，腫瘤或囊性病變引起。男嬰不能排尿提示有后尿道瓣。由于臍周圍肌肉系統薄弱，臍疝很常見，但很少引起癥狀，或需要治療。
生殖器 足月男嬰的睪丸應在陰囊內，新生兒常發生鞘膜積液和腹股溝疝。一個硬的變色的陰囊腫塊可能是睪丸扭轉，尤其是臀位產時。雖然睪丸扭轉很少見且在新生兒期疼痛不明顯，但屬外科急診。如扭轉存在，通過斑痕的分布和睪丸的硬度可鑒別睪丸扭轉還是單純性挫傷。若是鞘膜積液，腫塊是透光的。女嬰陰唇突出，可出現暫時性和非刺激性的粘液，偶爾呈血性的分泌物(假月經)，然而如有血塊時應加以檢查。陰唇系帶后可見一小腫物，認為是母親激素刺激所致，幾周后即消失。