紫藥水外用具有較強殺菌及收斂作用，特別是對殺滅念珠菌、革蘭氏陰性菌有良好的效果，廣泛用于面瘡、鵝口瘡、嘴唇上的皰疹，也可用于粘膜消毒與口腔潰瘍等病的治療。半個世紀來，人們都確信它無刺激，無毒性，在臨床上很受歡迎。
紫藥水之所以有強烈的殺菌作用，其秘訣在于所用的原料龍膽紫屬于陽離子堿性染料，能與帶陰電荷的病菌相結合，還能抑制病菌與細胞壁上的肽鍵合成。這種雙重作用，可將病菌置于死地。然而，近年來英國藥理學家通過對動物的一項毒性試驗得出一個難以置信得結果，紫藥水是一種潛在的致癌劑。使用不當會引起許多副作用，特別對幼兒更具有“毒性”。
紫藥水的毒副作用對嬰幼兒來說，主要表現為全身反應和局部反應，全身反應包括煩躁不安、拒乳、易哭鬧、夜寐不寧等，重者可出現呼吸困難，局部反應可見涂藥周圍皮膚出現潮紅、瘡疹、瘙癢等。
究其原因，主要是由于外用的紫藥水濃度過高，對皮膚黏膜的刺激較強；或用量過大，如涂抹面積過大、涂抹次數過多等，另可能是個別患者對紫藥水產生過敏反應。因此，專家們指出，使用紫藥水濃度不宜過高，只限于0.5--1，每天上藥1--3次，涂抹在局限的病灶周圍，保持時間應限制在3天之內，曾有過敏反應者不能再用�；純阂坏┌l生上述所說病毒，應及時停止用藥，并對癥處理，一般3-5天癥狀即可消失。