專家提示，乙腦目前沒有針對病毒的特效療法，預防應采取綜合性措施，其中以接種乙腦疫苗最為有效。人體接種乙腦疫苗后需經半個月至一個月時間方能產生免疫效果，因此接種工作一般在乙腦流行季節前一個月完成，接種對象以少年兒童及由非流行區進行流行區的人群為重點。
此外，由于蚊蟲是乙腦病毒的傳播媒介，因此滅蚊防蚊對于預防乙腦也相當重要。乙腦的發病主要與蚊蟲的季節消長有關。我國華中地區乙腦流行高峰多在每年的七八月份，而華南和華北地區流行高峰較華中地區分別提前或推遲一個月，東北地區發病高峰在八九月份。