4、染色體的問題：
如果染色體異常的話也會導致胚胎不發育而致早期流產。染色體異常包括數量和結構異常，數量上的異常可分為非整倍體和多倍體，最常見的異常核型為三倍體，而16三體又占1/3，常有致死性。21三體中有25~67%，13三體中有4一50%，18三體中有6~33%必然流產。其他有單倍體(4SX)，四倍體因卵裂異常致胚胎不發育。結構異常有缺失，平衡易位、倒置、重疊等閉。平衡易位是最常見的染色體異常。
關于染色體問題目前的研究認為染色體間配對、互換和分離形成配子，配子結合形成合子。如果其中的合子有異常的，則導致不能正常發育，可導致流產、死胎、死產、畸形兒，故而，需做產前診斷，以防止染色體患兒出生。對于染色體異常攜帶導致的流產、胎停育等目前西醫尚無有效治療方法，僅能進行產前遺傳學咨詢和診斷。對于染色體異常，從理論上講均有分娩正常核型及攜帶者嬰兒的機會，對這些夫婦做產前診斷，確保生育正常的嬰兒。
當然，目前研究亦表明，夫婦雙方染色體都正常，但配子形成和胚胎發育過程中出現了染色體異常。如女性年齡大于35歲，卵子老化，易發生染色體不分離，導致染色體異常；精液異常，如大頭畸形的精子多數為二倍體，受精后形成多倍體胚胎導致流產。不良環境的影響如有毒化學物質、放射線、高溫等也可引起胚胎染色體異常。所以，預防因為染色體異常導致胎停育的關鍵是調理夫妻雙方身體，使之各臟腑功能正常協調，陰陽平衡，擇優而孕，并遠離不良環境。
5、生殖道感染：
除以上各種因素外，感染所致孕早期流產愈來愈受到國內外學者的重視。妊娠早期嚴重的TDRCH感染可引起胚胎死亡或流產，較輕感染亦可引起胚胎畸形。研究表明巨細胞病毒可引起過期流產、胎死宮內等。母體發生感染后病原體可通過血行使胎盤感染，引起絨毛膜和毛細血管內皮受損，破壞胎盤屏障，病原體進人胎兒導致流產、胚胎停止發育及胎兒畸形圖。近年來許多研究表明支原體感染與胚胎停止發育有關，胚胎停止發育婦女宮頸分泌物支原體感染陽性率明顯高于正常婦女，并有極顯著差異。
6、環境因素：
妊娠期生理狀態的改變、使母體對治療藥物和各種環境有害物質的吸收、分布和排泄發生了較大的改變，在發育初期，胚胎對治療藥物和環境因素的影響極為敏感，此時各種有害因素都可導致胚胎的損傷、甚至丟失。許多藥物和環境因素是引起早期胚胎死亡或胎兒畸形的重要因素。
環境類激素可直接作用于中樞神經內分泌調節系統，引起生殖激素分泌紊亂，出現生殖率下降和胚胎發育異常。造成流產的環境因素多種多樣，其中包括X射線、微波、噪音、超聲、高溫等物理因素，以及重金屬鋁、鉛、汞、鋅影響受精卵著床或直接損害胚胎而導致流產。各類化學藥物如二澳氯丙烷、二硫化碳、麻醉氣體、口服抗糖尿病藥等可干擾、損害生殖功能，致胚胎流產、死胎、畸形、發育遲緩及功能障礙。以及不良生活習慣如吸煙、酗酒、咖啡、毒品、某些藥物等均影響早期胚胎發育。