孕婦用藥對寶寶的損害會有多大，除了藥物的成分外，還與用藥時懷孕的周數有著密切的關系。
受孕后兩周內，受精卵還在輸卵管或者宮腔中，尚未與母體組織直接接觸，所以藥物對胚胎的影響不大；如果藥物對囊胚的毒性極強，會殺死胚胎，造成自然流產。此時，藥物的影響可用“全或無”來形容――所謂全，表現為胚胎早期死亡導致流產；無則表現為胚胎繼續發育，不出現異常。
例如，一位孕婦，最后一次月經的第一天是3月1日，她平時每30天來一次月經，排卵期就應該是3月17日左右，如果在此后兩周內吃了藥，一般來說對胚胎沒有影響，如果有影響就會發生自然流產，孕婦若有陰道出血等先兆流產的征兆，很可能是因為胚胎質量欠佳，此時就不要保胎了。
懷孕5周―13周，胎兒各器官處于高度分化、迅速發育和形成階段，任何部位的細胞受到細胞毒性影響，均可能造成畸形，所以這一階段胎兒對藥物的敏感性極高，也叫做“組織器官高敏期”，此時用藥應特別慎重。
在懷孕前13周內，最好不用C、D、X級的藥物，如果孕婦出現緊急情況必須用藥時，應在醫生的指導下，盡量選用A、B級藥物。
懷孕13周以后，胚胎絕大多數器官已經形成，胎兒對藥物的敏感性降低，不過，此時大腦和泌尿生殖系統仍在繼續分化，仍會對藥物較為敏感。而神經系統在整個妊娠期間持續分化發育，所以藥物對神經系統的影響會一直存在，此時用藥仍需謹慎。