苦瓜營養價值極高，含有多種營養成分，富含維生素B1，具有預防和治療腳氣病，維持心臟正常功能，促進乳汁分泌和增進食欲等作用。苦瓜所含的維生素C是菜瓜、絲瓜的10～20倍，具有預防壞血病，保護細胞膜，解毒，防止動脈粥樣硬化，抗癌，提高機體應激能力，預防感冒，保護心臟等作用。苦瓜中含有類似胰島素的物質多肽-P，有降低血糖的作用。
中醫認為，苦瓜具有清熱消暑、養血益氣、補腎健脾、滋肝明目之功效，對治療痢疾、瘡腫、熱病煩渴、中暑發熱、痱子過多、眼結膜炎、小便短赤等病有一定的作用。因苦瓜性寒，故脾胃虛寒者不宜多食。
另外，苦瓜內含有奎寧，奎寧會刺激子宮收縮，引起流產。所以有人主張，孕婦不宜吃苦瓜。雖然奎寧在苦瓜中的含量很少，孕婦適量吃點并無無礙，但是，為了慎重起見，孕婦還是少吃苦瓜。