人工授精存在一定程度的風(fēng)險(xiǎn)，試管嬰兒在出生時(shí)或在出生不久后的死亡率至少是正常嬰兒的兩倍，可出現(xiàn)早熟或出生體重過輕的問題。研究也暗示，試管嬰兒更可能出現(xiàn)一些少有的基因變異，此外，試管嬰兒多胞胎的出現(xiàn)概率比自然狀態(tài)下增加了10—30倍。研究無法確定試管嬰兒的問題癥結(jié)所在。一種可能是在實(shí)驗(yàn)室培育人類胚胎的技術(shù)干擾了嬰兒的正常發(fā)育，導(dǎo)致問題的出現(xiàn)；但也可能是無法生育的夫婦出現(xiàn)問題遺傳了有害的基因。或者無法生育的母親在生產(chǎn)期間出現(xiàn)了健康問題而影響了嬰兒。
美國舊金山加州大學(xué)對2000名通過生育治療懷孕的婦女和2000名自然懷孕分娩的母親進(jìn)行跟蹤對比調(diào)查發(fā)現(xiàn)，原先的不孕婦女在通過技術(shù)手段懷孕后出現(xiàn)更多的并發(fā)癥，如早產(chǎn)、驚厥、難產(chǎn)和剖腹產(chǎn)。她們所生子女的體重也比正常出生的嬰兒輕20%以上。
英國倫敦有醫(yī)院報(bào)道，自閉癥在一般人群中的發(fā)病率是0.39%，而在試管嬰兒中患病的風(fēng)險(xiǎn)高達(dá)1.56%，是普通人的4倍。同時(shí)，他們患白血病和腦腫瘤的幾率也高得多，影響聽覺和視覺的疾病狀況更是比普通人高出兩倍。
瑞典烏普薩拉市兒童醫(yī)院的研究發(fā)現(xiàn)，試管嬰兒更可能患有明顯的精神方面的疾病，特別是腦癱。對比研究得出的結(jié)論是，試管嬰兒中患腦癱的人數(shù)比普通嬰兒高出一倍以上，這些結(jié)果“很可能是在體外授精過程中造成的”。
中山大學(xué)附屬第一醫(yī)院生殖中心對1995—2001年間1303例可追蹤到的試管嬰兒，以及同期在該院產(chǎn)科通過自然妊娠分娩的10125例嬰兒進(jìn)行調(diào)查發(fā)現(xiàn)，試管嬰兒中有28例畸形，其中1例通過產(chǎn)前診斷已經(jīng)引產(chǎn)，試管嬰兒的出生缺陷率為2.1%；而自然妊娠的嬰兒234例畸形，出生缺陷率為1.9%。出生畸形包括生殖器、消化道異常、骨骼、肌肉、染色體異常等，兩者出生缺陷率在統(tǒng)計(jì)學(xué)上沒有顯著差異。但統(tǒng)計(jì)還發(fā)現(xiàn)，試管嬰兒的孕婦平均生育年齡是31.35歲，自然妊娠孕婦則為27.2歲，前者平均生育年齡高于后者，生育風(fēng)險(xiǎn)增加。