在某些特殊情形下，接種某種疫苗可能弊多于利，或者疫苗會失去效力，此時就不必勉強注射。
無論接種那一種疫苗，在以下三種情況下不宜接種：
1、發燒或其它需要特殊治療的疾病，主要是擔心疫苗的不適反應，可能會影響以后對病情的判斷。假設一個小孩因感冒發燒到三十八度半，接種疫苗以后，晚上若燒到四十度，就難以判斷這是疫苗反應或是感冒惡化。
2、對于同樣疫苗曾有過嚴重反應，所謂的嚴重反應，指的是可能危及生命，或者會引起永久性后遺癥的反應，例如過敏性休克，這其中以百日咳疫苗的副作用特別常見。
3、未接受過治療的結核病患者，結核病特別會影響到細胞性免疫功能，所以若未經治療時，不適于接種任何疫苗。
減毒活疫苗具有活性，這類疫苗包括：麻疹、風疹、腮腺炎、口服小兒麻痹疫苗等。這類疫苗接種后可能會出現自然感染的癥狀，所以應該小心，下列情況不宜接種：免疫不全或正接受免疫抑制治療(如類固醇藥物)的病患、惡性疾病者、懷孕者、嚴重的營養不良者、接受免疫球蛋白治療三個月內，接受靜脈注射高劑量免疫球蛋白六個月內不宜注射活性減毒疫苗。
此外，以下情況不能接種疫苗：
1、有癲癇、抽風、腦炎、脊髓灰質炎等神經系統疾病病史的兒童，不能接種白百破混合制劑、乙腦及流腦疫苗。
2、有心、肝、腎臟器質性疾病及活動性肺結核的病兒，應暫緩接種，等到病愈之后再行補種。
3、患有急性傳染病的兒童，包括正在恢復期的病兒，還有正在發熱的兒童，也應緩種。
一般的小感冒，譬如咳嗽、鼻塞、流鼻水或喉頭有痰時，則不在接種的禁忌內，因為嬰幼兒此類小感冒是很普遍的，且都會持續一段時間，如果因此小感冒而延誤了預防接種，則不但未獲得預防針的好處，反而寶寶更易得到感染侵犯。