母乳雖好，也不是萬能的天然食品，乳汁有不適宜嬰兒享用的時候，故不可不分青紅皂白勉強為之。
嬰兒方面，部分疾病患者不能進食母乳，常見的有如下幾種：
苯丙酮尿癥：該病系嬰兒肝內先天缺乏苯丙氨酸，喂養后可引起嬰兒的神經系統損害。該病兒只能進食含量很低的苯丙酸代乳品。
半乳糖血癥：患此病嬰兒缺少半乳糖-磷酸尿苷轉化酶，進食含有乳糖的母乳，可引起半乳糖代謝異常，引起嬰兒神經系統病變而發生智力低下、白內障、黃疸、低血糖等病。此種情況，應以不含乳糖的代乳品喂養，母乳、牛乳均與該病嬰兒無緣。
硯糖漿脲癥：嬰兒缺乏支酮酸脫羧酶，進食母乳易引起氨基酸代謝異常，導致嚴重的神經系統損害。該類嬰兒只能選用分支氨基酸含量最低的合成氨基酸食物，進食母乳也只能占很小的比例，豐盛的母乳“愛莫能助”。
母體的部分疾病，也不宜喂養其乳汁，因為部分疾病患者強行喂養會產生一些惡果，給母體和嬰兒造成危害。
如有嚴重的心臟病、心功能不全者，嚴重的腎臟疾病、嚴重的肝臟疾病、精神病、癲癇病等均為不宜，因為哺乳會增加母親的負擔，無疑會造成病情惡化。
哺乳期間有病毒感染者，為了嬰兒的安全和健康也不宜喂養母乳。如巨細胞病毒急性感染期、人類T-淋巴細胞病毒感染、愛滋病病毒陽性、乙型病毒性肝炎患者HBeAg和HBsAg陽性、結核菌感染、梅毒血清陽性等，均不宜喂養母乳，以免將這些病毒細菌傳播給無辜的嬰兒。
喂食母乳，并非所有的疾病均不宜，有部分嬰兒或母體即使患病也是可以進行哺乳的。只要應當注意一些有關事項而已。
嬰兒唇顎裂常給喂養母乳帶來不便，此種情況可將乳汁擠入小杯內，用湯匙、注射器等喂食。若舌系過短，過緊，可讓大夫剪開系帶后喂養。腹瀉引起嬰兒輕度脫水時，母親應當間斷吸奶器吸出乳汁。鵝口瘡用制霉菌素有可靠有療效，治愈后不影響母乳喂養。嬰兒若出現母乳性黃疸，只要不是病理性的，膽紅素＜340mol/L，仍可母乳喂養，一般兩個月后自行消失，對嬰兒發育無不良影響。一般性的發熱、上呼吸道感染等，也不影響哺乳，不宜停止喂奶，以防回乳。
母體的部分疾病不影響喂養嬰兒。部分乳房疾病，如乳頭平坦、肉陷，應先擠奶，使乳暈變軟，再伸展乳頭周圍皮膚及牽拉乳頭，堅持一段時間即可正常。乳頭皸裂應糾正嬰兒的姿勢。嚴重的乳頭皸裂可用復方安息香酸酊涂搽患處，也可用白礬加蜂蜜蒸后外用，影響喂奶時可暫時擠出奶汁喂養。輕度的乳腺炎不影響哺乳，因為炎癥是在乳房結締組織，而不是乳腺管，乳汁不會帶菌。
除此之外，輕度的糖尿病可行母乳喂養。因哺乳本身有抗糖尿病的作用，即使是母親在服藥期間，對嬰兒也無大的影響。
需要指出的是，母親在使用有損嬰兒的藥品時應少喂或者盡可能不喂，激素類藥物、部分抗生素(如四環素氯霉素、紅霉素、鏈霉素、磺胺類等)、鋰鹽、阿司匹林、嗅隱亭、抗癲癇藥、抗甲狀腺藥等，對嬰兒均有一定的影響，應避免服用。不得已服用時，嬰兒應暫停哺乳，或母親暫時停止藥物治療，兩者不宜兼顧。