部分家長對化膿性腦膜炎不了解，擔心小寶寶的化膿性腦膜炎會傳染別的孩子，他們是把新生兒化膿性腦膜炎與流行性腦脊髓膜炎、流行性乙型腦炎等疾病相混淆了。盡管在臨床癥狀方面這三個疾病有相同之處，但卻是完全不同的疾病。
新生兒化膿性腦膜炎是指出生后4周內化膿菌引起的腦膜炎癥。主要的感染途徑有兩個：第一是患病新生兒個體本身在產時吞入或吸入污染的羊水感染；第二是出生后病原菌由呼吸道、臍部、受損皮膚與粘膜、消化道、結合膜等侵入血循環再達腦膜引起感染。新生兒由于體液免疫與細胞免疫都不完善，總體免疫功能差，容易感染，又由于血腦屏障功能不全，細菌易透過血腦屏障引起顱內感染，因此，化膿性腦膜炎是新生兒較為常見的感染性疾病之一。
流行性腦脊髓膜炎(簡稱流腦)是由腦膜炎雙球菌引起的化膿性腦膜炎，冬春季常見急性傳染病之一，傳染源是帶菌者和患者，傳播途徑為呼吸道侵入，主要易感對象為兒童，6—12月的嬰兒為發病高峰。流行性乙型腦炎(簡稱乙腦)是由乙腦病毒引起的大腦炎，該病由蚊媒傳播，夏秋季發病，多見于兒童和老年人。這三個疾病根據流行性資料、臨床癥狀、血象、腦脊液特征及血清學檢查可完全明確診斷。流腦及乙腦通過預防注射，可起到好的預防作用。
新生兒靠從母體內得來的抗體IgG，對一些傳染病具有免疫力，因此，新生兒期至今未發現流腦與乙腦病例。隨著人民群眾對健康的重視程度增加與醫療技術水平的不斷提高，化膿性腦膜炎經及時適當處理，大多數病兒能痊愈。