有原發病者積極治療原發病(如呆小病等)。治療單純性便秘的根本在於改善飲食內容，多補充水份和含纖維素多的食物(如谷物、蔬菜等)。同時訓練排便習慣。藥物治療只在必要時臨時使用。
1.人乳喂養嬰兒的飲食矯正
人乳喂養嬰兒較少發生便秘。如果發生，除喂人乳外，加用潤腸輔食，如加糖的菜水或桔子汁(應用新鮮桔子擠汁，市售瓶裝桔汁開瓶后易污染)、番茄汁、煮山楂或紅棗水。4個月以上可加菜泥或煮熟的水果泥。母乳不足時，可加1～2次加8糖的牛乳。蜂蜜水每日60～90ml，也有幫助。
2.人工喂養嬰兒的飲食矯正
人工喂養兒較易便秘，但如合理加糖及輔食，可避免便秘。如果發生，可將牛乳加糖增至8，并可加喂果汁(如番茄汁、桔汁、菠蘿汁、棗汁以及其他煮水果汁)，以刺激腸蠕動。較大嬰兒，可加菜泥、菜末、水果、粥類等輔食。再大一些可加較粗的谷類食物如玉米粉、小米、麥片等制成粥。在1～2周歲，如已加了各種輔食，每日牛奶量500ml即夠，可多吃粗糧食品、紅薯、胡蘿卜及蔬菜。有條件者可加瓊脂果凍。營養不良小兒便秘，要注意補充營養，逐漸增加入量，營養情況好轉后，腹肌、腸肌增長、張力增加，排便自然逐漸通順。
3.訓練習慣
排大便是反射性運動，小兒經過訓練能養成按時排便的習慣。一般三個月以上嬰兒可開始訓練，清晨喂奶后由成人兩手扶持，或坐盆或排便小椅，連續按時執行半至一個月即可養成習慣。養成后不要隨意改動時間。對年長兒慢性便秘，除鼓勵其多運動、多進纖維多的食物外，亦應使其按時通便，養成良好習慣。
4.中醫治療
中醫認為慢性便秘多系津虧腸燥所致，治以滋陰潤腸法。輕者可用單味郁李仁，每次嚼服3～5粒，每日1～2次，或隔日服。較重者常用三仁丸(瓜蔞仁、郁李仁、火麻仁各等量做密丸，每丸3g)每次1丸，每日1～2次，年幼者減半。年長兒可服麻仁滋脾丸，每日1～2丸，通便后停服。
5.其他療法
幼兒可在每晚睡前服鎂乳每次0.5～1ml/kg，或液狀石蠟每次0.5ml／kg，也可二藥制成合劑使用，可免單用石蠟油易自肛門漏出。以上藥物可連用3～5日，同時次晨訓練大便。為免吸入，嬰兒不用石蠟油。兒童還可用酚酞每次3mg/kg，睡前服。急性便秘或糞塊嵌塞，可用開塞露(甘油和山梨醇制劑)5～10ml注入肛內，刺激直腸引起排便；在家中可用小肥皂條插入嬰兒肛門通便，也可用小指戴像皮手套蘸少量石蠟油或凡士林，插入肛門通便。灌腸的方法刺激強，易養成習慣，非特殊需要時不采用。