從原則上來講，預防接種的效果應該是不得病，從幾十年的預防接種的實踐來看，許多傳染病也都得到有效控制。現在的孩子得麻疹、百日咳、小兒脊髓灰質炎等疾病的已非常少見。因此，從總體上來說接種疫苗后應該不得病。
有極少數例外，接種疫苗仍得病。這可能與所接種的疫苗和被接種的對象兩方面有關。預防接種的原理是將已經死亡或衰弱的特定病毒或細菌注射入體內，使身體認得它們并激活防衛系統，從而產生出專門的抗體和免疫細胞，來對抗未來這些病毒或細菌可能引起的疾病。如果人體所接種疫苗因劑量不足、注射方式不正確，達不到使身體產生出足夠的抗體或免疫細胞時，就不能有效對抗這些病毒或細菌的入侵。例如水痘疫苗的接種應在上臂外側三角肌附著處用消毒劑消毒，待干后皮下注射疫苗0.5毫升。有的醫生在注射疫苗時針刺的太深，注射到了肌肉里或是劑量太低，影響了預防效果從而未達到目的。又如，小兒麻痹糖丸應用清潔的湯勺將糖丸研碎，然后溶于冷開水中服用，如用熱開水溶化或混入其他飲料中服用，就會將疫苗中的病毒殺死，影響免疫效果。疫苗儲藏不正確，使其失去了應有的活力，也會使免疫效果大打折扣。小兒麻痹糖丸的保存適宜溫度是8℃以下，所以在氣溫超過8℃時，應從冷藏箱中拿出來后立即口服，時間長了就失去了作用。
有些疫苗的接種需要多次完成，這樣才能達到真正不得病的目的，這就是所謂“加強免疫”。1歲之前預防結核病、脊髓灰質炎、百日咳、白喉、破傷風、麻疹等傳染病所接種“四苗“，應在嬰兒第一年內完成，使小兒體內對這6種病產生特異性抗體，但它在體內只能維持一段時間，體內抗體濃度會降低，此時應再接種1-2次，通過再次接種再次刺激機體產生抗體，使抗體維持在足以抵抗病原體的較高水平上。如果半途而廢，機體仍會得病。
所有的疫苗接種都可能會有缺點，疫苗并非百分之百地保護每一個接種的人、也不能完全對抗同一族譜中的所有細菌。同時，對疫苗過敏的人也不適合使用。