目前小兒止咳祛痰糖漿的種類很多，應用也很普遍，如果使用不當同樣會給孩子帶來不良反應或中毒。因為糖漿中除了含糖外，里面還含有一定成份的藥物，所以在使用時應注意做到：
對癥選擇不濫用，因為引起咳嗽吐痰的原因很多，對此在使用止咳祛痰糖漿時應先請醫生查清咳嗽咳痰的原因，區別咳嗽的性質，然后再有針對性的選服止咳祛痰糖漿。
一般對頻繁的干咳，或痰液不多的刺激性咳嗽，可選用以止咳為主的糖漿。對于痰多的咳嗽不能單用止咳糖漿，以免止住了咳，而痰排不出來滯留在呼吸道內，引起或加重感染，對這類咳嗽應選用以祛痰為主的止咳祛痰糖漿。
合理應用不超量，過量給孩子吃糖漿同樣會出現毒副反應。如過量給孩子服用含非那根類糖漿，常可引起口、鼻、喉發干、腹痛腹瀉、嘔吐、嗜睡、眩暈，嚴重者可發生驚闕；過量服用含咳平或咳必清等藥物的糖漿，可引起頭暈、口干、惡心、腹瀉等；過量服用含必嗽來類糖漿，可出現胃部不適、惡心、血清轉氨酶升高；含氯化胺類糖漿過量應用后，可出現惡心、嘔吐、口渴、胃疼及高氯性酸中毒等不良反應。
不服過期變質的糖漿，在應用糖漿前尤其是過去用過的糖漿，應仔細檢查是否有變色，或出現絮狀和沉淀物，如果出現以上現象說明糖漿已變質，對此就不能再給孩子服用。