母乳雖然好但也不是萬能的天然食品，乳汁有不適宜嬰兒享用的時候，故不可不分青紅皂白勉強為之。
嬰兒方面，部分疾病患者不能進食母乳，常見的有如下幾種：
苯丙酮尿癥：該病系嬰兒肝內先天缺乏苯丙氨酸，喂養后可引起嬰兒的神經系統損害。 該病兒只能進食含量很低的苯丙酸代乳品。
半乳糖血癥：患此病嬰兒缺少半乳糖-磷酸尿苷轉化酶，進食含有乳糖的母乳，可引起半乳糖代謝異常，引起嬰兒神經系統病變而發生智力低下、白內障、黃疸、低血糖等病。此種情況，應以不含乳糖的代乳品喂養，母乳、牛乳均與該病嬰兒無緣。
硯糖漿脲癥：嬰兒缺乏支酮酸脫羧酶，進食母乳易引起氨基酸代謝異常，導致嚴重的神經系統損害。該類嬰兒只能選用分支氨基酸含量最低的合成氨基酸食物，進食母乳也只能占很小的比例，豐盛的母乳“愛莫能助”。
母體的部分疾病，也不宜喂養其乳汁，因為部分疾病患者強行喂養會產生一些惡果，給母體和嬰兒造成危害。
如有嚴重的心臟病、心功能不全者，嚴重的腎臟疾病、嚴重的肝臟疾病、精神病、癲癇病等均為不宜，因為哺乳會增加母親的負擔，無疑會造成病情惡化。
哺乳期間有病毒感染者，為了嬰兒的安全和健康也不宜喂養母乳。如巨細胞病毒急性感染期、人類T-淋巴細胞病毒感染、愛滋病病毒陽性、乙型病毒性肝炎患者HBeAg和HBsAg陽性、結核菌感染、梅毒血清陽性等，均不宜喂養母乳，以免將這些病毒細菌傳播給無辜的嬰兒。