應與新生兒生1周內其他原因所致的出血相鑒別：
(1)胃腸道出血：應與咽血綜合征、先天性消化性潰瘍、消化道畸形和感染等鑒別。咽血綜合征是新生兒出生時咽下母親產道的血液、帶血羊水等，于生后不久即發生嘔吐，嘔吐物呈棕色，也可有便血，但血量甚微，洗胃后即止吐，無凝血機制障礙。另外，堿變性試驗可用以鑒別母血及兒血，兒血含胎兒型血紅蛋白(抗堿性強)、母血含成人型血紅蛋白(抗堿性弱)。取嘔吐物加水稀釋，旋轉后取懸液5份，加1%氫氧化鈉1份，1～2分鐘后觀察，棕黃色為母血，紅色為兒血。先天性消化性潰瘍和胃穿孔早期、壞死性小腸結腸炎同時胃壁受累者，均可有吐血、便血；產程中窒息缺氧所致急性應激性潰瘍時，可大量吐血、便血，這些疾病均無凝血機制障礙。
(2)產傷性出血：多發生于分娩的先露部位，生后即出現，但與本癥常有因果關系，或同時存在，相互加重病情。
(3)先天性血小板減少性紫癜：可在生后1周內出血，但血小板顯著減少。
(4)其他先天性或后天性凝血障礙：①其他先天性凝血因子缺乏及先天性纖維蛋白原缺乏癥，均為終身性疾病，雖經輸血好轉，仍可復發，確診需賴特異的凝血功能檢查，而本癥為暫時性，一次治愈，不再復發。②各種感染、硬腫癥、肺出血等，可因彌漫性血管內凝血所致出血，均為獲得性，在出血之前已有原發病存在，出血發生較晚，與本病在初生早期、自然出血不同。
(5)其他：如臍部出血應與臍帶結扎不緊、臍部感染或肉芽腫等所致出血鑒別。陰道出血應與假月經鑒別。罕見遺傳性出血性毛細血管擴張癥在新生兒早期發生出血。