大多數新生兒肺炎是生后感染引起的，主要是家庭中與新生兒密切接觸的成員感冒或呼吸道感染后通過飛沫傳播給小兒的；少數是在宮內或分娩過程中感染的。
出生后很快經淋巴路徑吸收，是不會發生肺炎的。但胎膜早破超過6小時，羊水可能被污染，若胎膜早破超過24小時，新生兒發生感染的可能達30%。另外，胎兒在分娩過程中吸入產道內污染的分泌物而發生肺炎。
家長一般都知道肺炎有咳嗽、發熱等表現，但新生兒肺炎與較大嬰兒及成人不同，常不出現咳嗽癥狀。這是由于新生兒胸廓發育相對不健全，呼吸肌軟弱，呼吸運動表淺，當肺部感染時，新生兒因咳嗽無力而不出現咳嗽。
盡管新生兒肺炎常不出現咳嗽，但由于肺部感染使氧氣的交換出現障礙，會導致代償性的呼吸增快。
另外，新生兒肺炎可能有一些疾病的共同表現，如吃奶時吸吮力差，嗆奶，反應低下，哭聲輕或不哭，可不發熱也可發熱。這時即使到醫院看病，醫生進行肺部聽診時，在許多小兒聽不到羅音，除非拍X線片能明確診斷，因此，新生兒肺炎的特點是除呼吸次數增快外，其臨床表現上缺乏特異性，這給醫生的診斷也帶來困難。