病原菌不同對其用藥也不同
兒童期易患感染性疾病，但各年齡階段、不同季節易感的病原菌不同，另外，發病季節及當時流行疾病狀況對臨床診斷亦有很大作用。通常根據臨床診斷，醫生可以推斷病原菌的種類，或結合必要的輔助檢查(包括病原學檢查)，選用有效的抗生素；如對病原菌診斷不明，可選用廣譜抗生素。家長為病兒自選抗生素，缺乏針對性，可能造成療效不佳或無效，并有可能誘發耐藥菌的產生，造成后期治療的困難或耐藥菌的傳播。
抗生素無高級與低級之分，只有病原菌對藥物敏感與不敏感之分，以價格判斷藥物好壞、高級低級是沒有道理的。
不能盲目同時服用兩種以上抗生素
兩種或兩種以上抗生素同時使用稱為聯合用藥。同時服用兩種以上的抗生素，有可能造成用藥無效的后果。通常，有嚴重感染或混合感染，病原菌不明或單一抗生素不能控制，又或者較長期應用抗生素細菌產生耐藥性可能者，以及聯合用藥可使毒性較大的藥物劑量得以減少時，才可在醫生的指導下聯合用藥。一般需用抗生素治療的感染性疾病僅用一種抗生素即可，多用藥多保險的想法是錯誤的。
藥物劑量由醫生來確定
針對病原菌選藥后，需從患兒病情、藥物在體內代謝特點、給藥順從性等方面考慮，來決定給藥劑量及方式。為確保抗生素很好地發揮作用而不對機體產生危害，掌握恰當的抗生素劑量是必須的，在兒童，藥物劑量通常是由醫生根據診斷、病情、體重或體表面積計算得出，另外，亦應考慮小兒機體代謝狀態，對患有肝、腎疾病的小兒，除應避免應用具有相應毒副作用的藥物外，還應仔細考慮用藥劑量。認為兒童用藥即為簡單的成人劑量減半的概念是錯誤的。