先天性免疫又可稱為固有免疫，非特異性免疫。個體在長期進化過程中所形成的一系列防御機制，在個體出生時就具備，可對侵入的病原體迅速應答，產生非特異性抗感染免疫作用，亦可參與對體內有害或畸變細胞的清除。嬰幼兒免疫系統發育不完善，在先天性免疫方面，主要體現在：血清中促吞噬因子低，吞噬細胞吞噬功能差；皮膚粘膜屏障差，易感染各種病原微生物；體液中抗菌因子補體、溶菌酶、干擾素含量低。此種免疫在體內起主要作用的是清除病原菌細胞、修復機體受損組織。而最新研究發現，母乳中特有的生長因子TGF-β、粘液素、γ-亞麻酸，能夠全面清除畸變以及有害細胞，快速修復被損傷的神經細胞以及組織，加速嬰幼兒免疫系統的進化。
TGF-β(生長因子)一種已知的具有免疫調節作用的因子,不僅通過對樹突狀細胞的影響發揮其免疫調節作用,而且能夠抑制T細胞的活化與擴增,參與多種生物過程,包括維持免疫穩態和誘導自身耐受。有研究結果顯示骨髓間充質干細胞的上清抑制植物血凝素刺激的T淋巴細胞的增殖，植物血凝素活化的T淋巴細胞IFN-γ的分泌，而IFN-γ是活化的THO分泌的細胞因子，促進THO向TH1分化。此外骨髓間充質干細胞上清對植物血凝素刺激的T細胞增殖的抑制作用能夠被TGF-β抗體部分逆轉，由此可見，生長因子TGF-β在骨髓間充質干細胞上清的免疫機制中起著一定的作用。
MUCIN(粘液素)是覆蓋腸粘膜上皮細胞的粘液膠質，其分子結構是一種主要由杯關細胞分泌的大分子糖蛋白，其編碼基因位于多條染色體上的不同區帶處于杯狀細胞對粘液素合成和分泌與蛋白水解性和物理性侵蝕造成的粘液素釋放進入腸腔之間的動力學平衡狀態。在腸腔內，粘液素部分地受到碳水化合物鏈的保護而免受蛋白質水解作用的破壞，成為到達回腸段的內源性蛋白質，粘液素在與腸道菌群有關的胃腸道保護方面發揮著關鍵作用。其對呼吸道免疫系統的功能作用在三個方面：1、參與粘液纖毛清除呼道內特殊物質的功能；2、作為抗菌物質，抑制致病菌的生長與繁殖；作為吸入空氣的濕化劑，防止過量的水分從氣道表面丟失。另外它作為一種抗粘附蛋白，通過降低細胞與細胞或細胞與基質之間作用的穩定性，阻斷細胞間的相互作用。它還可以作為一種粘附劑，作為選擇素分子的配體參與細胞的遷移，這種細胞可參與免疫調節，使有害細胞毒性T細胞以非MHC分子限制方式識別、使有害細胞易于被殺傷。綜上所述，種種研究發現，它是早期嬰幼兒呼吸道和胃腸道免疫系統發揮重要作用的免疫物質。
GLA(γ-亞麻酸)主要從真菌油脂中提取GLA，它是嬰兒不可缺少的營養素之一，可增強機體的免疫功能。嬰兒體內由于各種酶系統尚未發育完全,要靠代謝亞油酸生成足量的必需脂肪酸非常困難,因而在母乳中預先形成并存在的GLA等不飽和脂肪酸,可滿足嬰兒的生理需要。它還具有抗革蘭氏陰性菌和陽性菌、抗HIV感染、抗多種炎癥、抗脂質過氧化等方面的作用，其應用前景非常廣泛。
獲得性免疫個體特異性識別及有選擇地清除外來的病原體，是受病原體感染或接種疫苗而獲得的免疫，獲得性免疫具有特異性、多樣性、記憶性、識別自我/非我四個明顯特征，也稱為后天免疫，特異性免疫。主要包括主動獲得性免疫和被動獲得性免疫。
其主動獲得性免疫是指在抗原的刺激下，人體的免疫系統對抗原作出反應，產生了對付該抗原的特異性抗體，以后，如果再碰到這種抗原的話，抗體等免疫物質就會主動地去攻擊這種抗原，保護人體不受侵害。這個過程就是主動獲得免疫的過程。而在這過程中，母乳中的乳果糖、分泌型免疫球蛋白A、乳鐵蛋白以及粘液素起著舉足輕重的作用，它們促進機體產生抗體以對抗抗原，幫助寶寶加強抵抗力。
Lactulose(乳果糖)具有與雙歧桿菌活菌劑相似的作用，科學家對31名血液病患兒服用乳果糖前后腸道菌群以及體內SigA含量作了比較。分析得出，服用乳果糖后，不但能刺激機體腸道內雙歧桿菌生長，改善腸道微生態環境,提高腸道定植抗力,抑制致病菌的生長并促進其排除,另外它還能促進免疫系統分泌SigA水平上升，增加腸道局部免疫力。
SIgA(分泌型免疫球蛋白A)是存在于鼻、咽、口腔、呼吸道、眼、胃腸道以及生殖系統表面粘膜上的免疫球蛋白。人體粘膜是多種病原微生物的入侵門戶,約有80 的感染發生在粘膜上。它通過阻礙粘膜與細菌和病毒的接觸從而給粘膜表面提供特殊的免疫屏障，為人體提供了第一道免疫防線。
最新研究表明，SIgA 功能廣泛,不僅可以中和、排斥病原體、防止細菌、病毒與粘膜結合,而且還可以促進外分泌液中天然抗菌因子的作用。
1、中和病原體：SIgA 可有效地中和粘膜上皮內的病原體、毒素等有害物質,捕捉粘膜內層病原體,形成免疫復合物排出。粘附對病原體致病作用是非常重要的,SIgA 可抑制甚至阻斷病原體對粘膜的粘附,有報道SIgA 能阻斷微生物進攻必需的粘附素從而保護上皮細胞。
2、免疫排斥：粘膜表面的SIgA 對由食物攝入和空氣吸入的某些抗原物質具有封閉作用, 使這些抗原游離于粘膜表面不致進入機體, 從而避免引起全身的免疫反應，減少局部過敏反應的發生。
3、促進天然抗菌因子作用：SIgA 可增強乳肝褐質及乳過氧化物酶系統對幾種粘膜病原體的抗菌作用,可通過粘膜淋巴組織增強抗原依賴性細胞并能武裝腔中淋巴細胞,從而提高直接殺傷能力,與分泌物中的抗菌物質如乳鐵蛋白、溶菌酶等有協同作用。
剛出生不久的嬰兒，免疫系統發育不完善，體內尚未具備產生SIgA的能力，而SIgA不能通過胎盤，此時期嬰兒主要從母乳中得到SIgA，從而獲得防御外界病毒和細菌侵襲的能力。因此，有必要在嬰兒所食用的奶粉中補充SIgA，以幫助嬰兒提高免疫力，增強防病抗病的能力。
Lactoferrin(乳鐵蛋白)是一種與鐵的轉運和存儲有關的蛋白質，所以又稱乳轉鐵蛋白，在人類初乳中含量最高。乳鐵蛋白可調節血液中自由鐵離子的濃度，滲透到機體的細胞核中，繼而破壞細菌和病毒的DNA(脫氧核糖核酸)，從而抑制了細菌或病毒的生長繁殖，使它們失去侵害嬰兒機體的能力。深入研究發現，乳鐵蛋白具有抗菌、抗病毒、抗氧化、調節免疫系統等功能、被認為是一種新型的抗菌抗癌藥物和極具開發潛力的食品添加劑。
目前，商業用的乳鐵蛋白來自牛初乳, 價格很高，盡管如此，乳鐵蛋白已在歐美商業化生產并用于制造母乳化嬰幼兒奶粉或其它功能性食品。商業化生產一般選用健康母牛分娩后5天之內(最好3天之內)的初乳，經脫脂、提純和干燥等加工后得到。在加工中，要求減少熱處理過程，以保持其生物活性。混合制品(3小時70℃)和噴霧干燥不會使乳鐵蛋白失活變質。在嬰幼兒奶粉中添加高活性的乳鐵蛋白，是嬰幼兒奶粉母乳化的一個必備指標。
被動獲得性免疫是機體因接受外來免疫物質從而產生對某種或某些疾病的免疫力，主要包括：自然獲得性被動免疫：胎兒經胎盤或嬰兒經初乳從母體獲得抗體(免疫球蛋白)，使嬰兒在短期內不易感染某些傳染病。這種免疫叫做自然獲得性被動免疫。自然被動免疫維持的時間不長，因為母乳中成分的變化，一般在出生4～6個月后隨著母乳中免疫成分的減少也就慢慢消失了。人工獲得性被動免疫：人體經注射抗體后所獲得的免疫叫做人工獲得性被動免疫。這種免疫的有效期較短，一般約為2～3星期，多用于治療或暫時預防某些傳染病。因為嬰幼兒機體體質問題不太適宜采用人工獲得性被動免疫，而自然被動免疫也會因母乳供給不足甚至無法供給而中斷，而最新科學研究發現，母乳中的乳凝集素、糖巨肽在被動免疫起著尤為重要的作用,能夠抑制、殺死有害細菌與病毒，并結合這些有害微生物所產生的毒素排泄出體外。
Lactadherin(乳凝集素)是母乳中與輪狀病毒交聯最強和抗病毒特異性最高的成分，它對降低輪狀病毒感染性腹瀉病的發病率或減輕腹瀉時的癥狀, 起到了突出的作用。輪狀病毒是引起嬰幼兒腹瀉的最常見病原。主要經糞—口途徑傳播,近年來有人認為也有經呼吸道傳播和日常生活傳播的可能,多見于6～24個月的嬰幼兒。但在新生兒時期輪狀病毒感染亦很常見。研究表明，臍血中具有的輪狀病毒特異性抗體或接受初乳,并不能保護新生兒不發生輪狀病毒感染,這可能是造成新生兒時期感染率高的一個重要原因。
近年來研究發現, 母乳喂養兒的腹瀉病發病率較人工喂養兒低, 同時母乳喂養兒在輪狀病毒感染后腹瀉癥狀輕于人工喂養兒。
為了進一步驗證乳凝集素降低輪狀病毒感染的有效性，科學家做了一系列的體外實驗，實驗結果顯示。人脂肪球膜蛋白(MFGM)、牛脂肪球膜蛋白(MFGM)和牛巨大分子乳清蛋白(MMWP)，這三種蛋白抗輪狀病毒的主要有效成分都是乳凝集素。實驗數據顯示,當蛋白濃度為0.65mg/ml時，這三種蛋白都顯著降低了輪狀病毒對細胞的感染率。而人脂肪球膜蛋白(MFGM)和牛巨大分子乳清蛋白(MMWP)，隨著蛋白濃度的增加，輪狀病毒對細胞的感染率持續下降，抗病毒的效果更加明顯。從這一實驗我們可以看出，乳凝集素對于降低輪狀病毒的感染是非常有效。
GMP(糖巨肽)是乳清蛋白中很獨特的一種,有很高含量的支鏈氨基酸、亮氨酸和纈氨酸。研究表明，糖巨肽在機體免疫調節功能方面有很多生理功能：(1)結合霍亂和大腸桿菌所產生的腸毒素，國外科學家在一些細菌毒素上進行了試驗，觀察發現糖巨肽能抵制大腸桿菌熱不穩定的腸毒素LT-Ⅰ和LT-的結合(分別與定植因素抗原CFA/I和CFA/Ⅱ有關系)，它具有抵抗由毒素引起的腹瀉；(2)抑制細菌和病毒的附著，糖巨肽與受器有足夠的相似性，能阻止細菌與病毒與受器的結合，從而抑制其植殖；(3)抑制胃腸道的分泌物，能夠減弱胃蠕動作用，刺激腸道荷爾蒙膽囊收縮素，從而調節胃腸道功能；(4)促進雙歧桿菌的生長，科學家發現在人初乳和常乳中存在雙歧桿菌生長促進因子糖巨肽，按干重計，人常乳中的糖巨肽是初乳中的一半，而牛初乳中的糖巨肽的活性是人初乳中的10％，牛常乳中的糖巨肽是人初乳中的1％，另外，國外科學界家比較人和牛的糖巨肽的產酸度，發現牛乳只有人乳的三分之一，；(5)調節免疫系統應答，母乳中的糖巨肽能夠引起脾細胞增殖的促細胞分裂素，有實驗表明，只有在糖巨肽存在時細胞才與抗體發生反應，除了抑制傷寒沙門氏分裂素脂多糖引起的白細胞介素-1與受體結合外，也能結合T細胞并掏植物血凝素激發的白細胞介素-2受體的表達和發炎反應的發生。以上綜合分析，嬰兒配方奶粉特別是免疫強化配方奶粉有必要添加糖巨肽，使其更接近母乳。
綜上所述，三向免疫調節作用機理，主要體現在：配方中特別添加的生長因子TGF-β、粘液素及γ亞麻酸等營養免疫成分在先天性免疫過程中能夠幫助寶寶全面清除受損以及畸變細胞，快速修復被損傷的神經細胞以及組織，加速嬰幼兒免疫系統的進化；另外其配方中乳果糖、分泌型免疫球蛋白A、乳鐵蛋白等營養免疫物質在主動獲得性免疫過程中能夠促進寶寶產生抗體以對抗抗原，增強機體抵抗力；再者其融入的乳凝集素、糖巨肽能夠抑制甚至殺死有害細菌與病毒，并結合這些有害微生物所產生的毒素排泄出體外。