有些嬰兒由于母乳不足或其他原因改用牛奶喂養、或添加輔助食物尤其是蛋白類食物時，小兒表現為突然出現嚴重的腹瀉，有些小兒甚至出現大便帶血，這些嬰兒可能就是對牛奶蛋白過敏、或對牛奶蛋白及其他食物中的蛋白不耐受。嬰兒發生這種牛奶過敏癥的比例大約是2.2%。
當小兒發生腹瀉時，要判斷是由于牛奶或食物過敏、還是感染引起的腹瀉，家長可以通過以下簡單方法進行初步判斷。根據小兒腹瀉前的喂養史選擇試驗食物，在沒有給小兒服用抗過敏藥的前提下，將所選擇的食物從少量起喂小兒，每隔30-60分鐘加倍所喂食物，觀察小兒的反應，尤其是頭2小時的反應，因為頭2小時是過敏反應的高發時間，這樣就能判斷可能的過敏食物。而想通過實驗室試驗來確診小兒食物過敏缺乏敏感性和特異性。
發生食物過敏癥的原因很多，與小兒過敏性體質及小腸黏膜發育不成熟有關。有人認為食物過敏原因可能是毒素污染，如鱈魚中有組織胺在烹調中沒有被破壞；過期食物如過期奶酪中含有“酪氫酚”引起藥物作用；腸道消化吸收受限，如腸道乳糖酶缺乏造成乳糖不耐受引起腹瀉。
減少或避免小兒發生食物過敏的方法是不要在4個月前添加固體食物，到4-6個月后再添加固體食物，這樣允許小腸成熟并減少“漏出”，避免食物尤其是蛋白類食物抗原穿透黏膜啟動免疫反應；如是乳糖不耐受引起腹瀉應給小兒喂養不含乳糖的奶粉。