藥物的副作用影響生育者，稱為藥源性不孕癥。據統計，4%～6%的不孕是由藥物引起的。
磺胺藥復方新諾明常用于治療尿路感染、呼吸道感染、扁桃體炎等。它在生育方面的副作用是抑制睪丸功能，使精子數量大為減少，精子活動能力明顯低下。柳氮磺胺吡啶是用于治療潰瘍性結腸炎的藥物，也能導致精液缺乏，使精子異常者達80%，同時伴有精子數量減少，精子活力降低和不育。
抗生素呋喃西林及其衍生物會抑制睪丸細胞碳水化合物的代謝和氧耗，使生精細胞中的DHA濃度下降，引起精子減少，導致不育。大環內酯藥物，如紅霉素、螺旋霉素、麥迪霉素等，會造成精子發育停頓和有絲分裂減少，使精子被殺傷或被殺死，存活的精子活動力也明顯下降。
甲氰咪呱此藥用于治療十二指腸潰瘍，大量持續使用時可引起精子數量減少而致不育。有報道，每日口服1200毫克，9周后精子數可減少43%。
激素類長期應用過量的類固醇激素，可抑制男性下丘腦-垂體-睪丸軸功能，使睪丸萎縮，精子生成減少，導致不育。這種情況在長期服用類固醇激素的男運動員中已得到了證實。應用雌激素可使男性出現陽痿、射精延遲和不能射精，即使能射精亦只有很少的精液量。使用腎上腺皮質激素可使女性發生月經不調、閉經，雄性激素可以使女性出現月經推遲、性欲亢進和男性化。
鎮靜安眠藥長期使用或濫用巴比妥和非巴比妥類鎮靜安眠藥，可使女性出現月經失調和排卵障礙，男性可出現性欲下降、陽痿或性高潮喪失。氯丙嗪對神經系統各個節段均有作用，例如，對丘腦下部具有增加催乳素，抑制促性腺激素的分泌，導致雌激素和睪丸素分泌減少。
抗高血壓藥利血平是治療高血壓的常用藥物，可使組織中的兒茶酚胺耗竭而產生顯著的鎮靜作用，從而間接地降低性欲。長期使用抗高血壓藥會影響丘腦下部的垂體功能，從而抑制了精子的產生。
麻醉和鎮痛藥嗎啡、杜冷丁、海洛因等能干擾下丘腦垂體系統的調節過程，使陰莖不能勃起或勃起不堅，以致不能完成性交過程，造成射精障礙，導致不育。