缺乏特異性診斷指標嚴格來講，體細胞主動免疫治療所適用的患者范圍僅為去除所有已知因素的原發性習慣性流產患者。但在臨床上，常常存在病例診斷不明確，缺乏特異性診斷指標的情況。許多臨床醫療機構在治療前并不進行或沒有條件進行對已知病因的嚴格篩查，或只能進行部分原因的篩查，致使諸多非原發性習慣性流產患者接受了體細胞的主動免疫治療，必然會導致臨床治療的失敗。
治療方案不夠完善目前大多數醫療機構所實行的體細胞主動免疫治療方案有待進一步優化，如所采用的免疫原是淋巴細胞還是單個核細胞？淋巴毒抗體是否產生及其效價如何等等。諸如此類的問題在以往的臨床研究及實踐中往往被忽視，因而造成了治療方案不科學、不規范、不系統，療效相差甚遠的局面。
成功治療關鍵： 嚴格把握細節
根據我們的臨床經驗，在規范診療方案方面如嚴格遵守下列程序，對于治療成功大有裨益。
1.嚴格病例篩查。
2.對于入選的患者，仍要對其進行一些相關的特殊檢查，以進一步確定其發病原因以及下一步的對癥治療方案。
3.免疫原的制備與生物安全性監測，這是主動免疫治療首要也是最重要的環節。免疫原應是現場制備，并對其質量以及生物安全性作出評價后方可用于人體免疫治療。
4.療效指標實時觀察，治療過程中應對療效進行了實時觀察，以便了解治療的效果，確定懷孕的最佳時機，從而確保妊娠的順利進行。
5.孕后應加強免疫。許多免疫治療失敗均是由于妊娠后不再進行免疫治療所引發的，這是由主動免疫治療所產生的胎兒保護性抗體水平在妊娠后有可能下降而不能繼續保護胎兒所造成的。
6.輔助治療，如對于一些年齡偏大或激素水平偏低的患者，在妊娠后要給予相應的孕激素來一起確保妊娠的成功。
總之，主動免疫治療原發性習慣性流產的治療技術不僅涉及臨床婦產科學，更要涉及免疫耐受、免疫遺傳、分子免疫、細胞免疫等門類繁多的系統工程。因此對于操作團隊和醫院都有嚴格要求，需要獲得國家或軍隊衛生管理部門認證認可。