懷孕的女性的很多身體問題多可能導致嬰兒的先天畸形。
控制不力的糖尿病就是典型的例子，這樣的母親，其嬰兒發生先天畸形的可能性是其他人的兩到三倍。如同葉酸缺乏造成的情形一樣，等患有糖尿病的母親進行第一次產前咨詢時，先天缺陷早已經發生。患有糖尿病而又控制不力的母親，其后代發生心臟畸形、脊柱及肢體缺陷以及其他問題的可能性高得多。如果在孕前就嚴格控制好血糖水平，尤其是在第一個圍產期內，則糖尿病人會大大降低胎兒先天缺陷的風險，甚至有可能跟沒有糖尿病的孕婦一樣。
有些女性身體本來不好，往往在孕前會使原有的疾病加重，導致潛在的母嬰風險。嚴重的心臟瓣膜疾病、原發性肺動脈高壓和充血性心臟病都是典型例子。跟糖尿病一樣，其他體格問題如果不加以合適監測和控制，也可能引發胎兒健康問題。而可能突然發作的疾病如果不加以控制，會對胎兒產生不利影響。另外，母親的許多慢性疾病可能不會影響到胎兒，但用來治療這些慢性疾病的藥物，卻可能造成先天畸形。
如果患有慢性疾病，尤其是如果正在服用某種藥物，應該咨詢醫生之后再考慮懷孕，同時與醫生詳細討論，確保自己和胎兒都有健康的身體，避免對胎兒造成不利影響。
藥物治療
如果自己和配偶正在進行每天服用藥物的某種治療，尤其是服用處方藥物時，一定要與醫生進行商談，考慮服用藥物期間是否會對胎兒形成不利影響。零星服用的藥物，也應該與醫生溝通，比如從藥店購買的各類藥物，并不是通過處方購買的藥物，為治療疼痛、過敏、胃部不適、傷風與流感，或正在服用其他流行藥物。許多非處方藥物也可能對孕婦產生不利影響，或者不利于早期妊娠者，因此，不要以為某一種藥物并非處方藥就沒有大問題，它們同樣可能對孕婦造成很大影響。應該避免的藥物當中，最典型的就是同類松脂酸，這種藥物用來治療嚴重的粉刺，但會對胎兒造成嚴重影響，比如畸形。最好在使用這種藥物至少1個月后再考慮懷孕問題。