自然流產除遺傳、感染、黃體功能不全、人類染色體異常等因素外，子宮病變也是自然流產的主要原因。
子宮肌瘤本病主要是瘤體組織使子宮腔變形逐漸發生退行性變，子宮內膜表面發生潰瘍，內膜和肌層血流量減少，不利孕卵著床和發育而至流產。
對渴望生育的年輕婦女，可采取子宮肌瘤剜除術，不作子宮切除，以保持生育能力。
子宮頸內口松弛患子宮頸內口松弛的孕婦，一般在妊娠中期發生流產。這是因為，隨著胎兒逐漸長大、羊水逐漸增多，宮腔內壓力不斷增高，致使胎膜囊的宮頸口突出而引起胎膜破裂。子宮頸內口松馳與既往有宮頸撕裂損傷、多次人工流產、子宮峽部發育不良等因素有關。在妊娠12-15周進行宮頸環扎術或在非妊娠期作宮頸修補術治療都能收到較好的效果。
子宮畸形人類子宮是副中腎管發育衍變形的肌性器官，雙側管腔融合不全或融合后的縱隔未完全吸收均可導致先天性單角子宮、雙角子宮、雙子宮及子宮縱隔等各種子宮畸形。子宮縱隔占子宮畸形80%左右，為引起自然流產及早產最常見子宮畸形。子宮縱隔造成流產主要是縱隔區缺血及子宮內膜發育不良，受精卵著床后供血不足而影響胎兒正常發育。近年來，宮腔鏡診治子宮縱隔有特殊價值，不僅容易確診，而且在宮鏡下可行縱隔切除，手術能顯著降低流產率。
宮腔黏連在宮腔黏連的患者中，多數有子宮內膜損傷史，如多次人流、過度刮宮等。宮腔黏連引起流產的病理改變是宮腔縮小、變形，子宮內膜硬化及面積減少，影響胚胎發育。據統計，確診宮腔黏連者，經手術分離、擴宮、服藥綜合治療，流產率可由治療期的67%降至26%。