科學家還無法準確地解釋為什么試管嬰兒出生后會面臨更大的健康風險。一些輔助生育學(IVF)專家指出，與試管受精相關聯的疾病問題的高發率可以追溯到創造孩子胚胎時所用的卵子的缺陷。
三份新的研究顯示，在做試管受精而備的卵子中平均有42%攜帶基因變異，這會讓創造出來的胎兒難以順產。一些專家暗示這歸咎于用來刺激排卵的藥物。為了更方便地獲取卵子，醫生都要給做試管受精手術的婦女事先服用排卵藥物。
據英國廣播公司報道，實驗室里用來創造胚胎的卵子經常會帶有基因缺陷，因此，更多的IVF專家正呼吁所有用到的卵子都要被篩選。現在，在英國規范IVF的政策要求年齡超過35歲的婦女的卵子都要做非正常染色體數目的掃描。
這個發現，預言性地推動了人們對使用胚胎植入子宮前基因診斷(PGD)的需求增加，PGD是一個檢查早期胚胎的一個單細胞的不正常基因的程序。這個程序有時候可能直接就引起胚胎的死亡，但更重要的是，作為一種“搜索-消滅”的方法，它有效地減少了被認為基因不良的孩子的數量。
現在，首批試管嬰兒都已長大成人。他們下一代的陸續出生，讓試管嬰兒引發的健康問題變得更加復雜。
濫用后果嚴重
監督輔助生殖技術國際委員會2006年6月21日發表報告說，從1978年世界首例試管嬰兒誕生起，全世界共有300多萬名嬰兒通過試管受精方式出生。委員會專家雅克·穆宗說，全世界每年實施大約100萬例試管受精手術，年出生嬰兒約為20萬。
雖然經過20多年的飛速發展，試管受精技術已經催生出一個年收入超過1億美元的行業，但最近凸顯的安全性問題，使它受到的批評越來越多。
事實上，在發現試管嬰兒出生后可能會承受更多的健康風險之前，試管受精技術的應用已經帶來了很多問題。
許多婦女認為，有了試管受精技術，她們可以無限期推遲生育，當準備好的時候付錢就可以。但大多數人并不知道試管受精的平均懷孕率僅為25.1%，生育率18.5%；也不知道這些過程很痛苦并常常有危險。
北京協和醫院婦產科輔助生育與產前診斷中心何方方教授說，目前中國不育人群人數正在逐年上升，“除了先天疾病之外，許多人是自己把自己耽誤了�！焙芏鄫D女由于工作壓力大，總覺得生孩子的事可以先放一放，使本來具備生育能力的自己罹患不孕，而試管受精技術只適用于1%～2%的不孕婦女。
在中國，每10對育齡夫婦中就有1對不育。龐大的市場需求，使很多醫療機構紛紛開展試管受精技術。遺傳學家盧光認為，這一技術的濫用如得不到遏制，將影響中國的人口安全。她說：“這比農民買假種子造成糧食絕收后果要嚴重得多，一旦試管嬰兒應用、管理失控，缺陷兒、男女比例失調、近親結婚等問題將接連出現，并嚴重影響中國的人口安全�！�