和所有其他的藥物一樣，接種疫苗也會有副作用。在接種疫苗之后針孔處會發(fā)紅和疼痛，也會有短暫的和生病差不多的感覺或者是低燒癥狀。但是對接種疫苗持懷疑態(tài)度的父母最大的擔(dān)憂還是接種疫苗之后是否會對兒童有嚴(yán)重的損害。
“嚴(yán)重的副作用和接種并發(fā)癥是很少見的，而且主要都是由于對注射疫苗的伴用藥物的過敏反應(yīng)引起的。”羅伯特•科赫研究所在一份關(guān)于注射疫苗的報告中這樣寫道。“在改良了天花疫苗和針對小兒麻痹癥和肺結(jié)核(BCG疫苗)的口服疫苗后，這種損害的可能性已經(jīng)觀察不到了。根據(jù)《傳染病保護(hù)法》(第六章第一段第三條)的規(guī)定，從2001年1月到當(dāng)年的10月，在大約三千萬接種疫苗病例中共發(fā)現(xiàn)了236個疑似接種并發(fā)癥病例。最新的報告里雖報道了一種對健康的損害，但并不能說明這與注射疫苗有什么因果聯(lián)系。雖然某種并發(fā)癥可能與疫苗相關(guān)，但并沒有數(shù)據(jù)可以證明注射疫苗增大了并發(fā)癥的風(fēng)險。更重要的是，如果將這些情況與那些因沒有接種疫苗而染上傳染病后有可能出現(xiàn)的并發(fā)癥相比就會發(fā)現(xiàn)，接種疫苗引起并發(fā)癥的幾率要比生病引起并發(fā)癥的幾率小得多。例如：百分之九十八感染上麻疹病毒的人會發(fā)病，其中每一千到兩千人中就會有一人感染腦炎。美茵茨大學(xué)預(yù)防科學(xué)中心兒科醫(yī)生，海茵茨•約瑟夫•施密特教授指出：“相反到目前為止，還沒有一例因注射麻疹疫苗而感染上腦炎的記錄。”
現(xiàn)代的疫苗針劑都是高效而平穩(wěn)的，但是與其他藥物一樣，疫苗的有效性也不可能是百分之百。例如會有大約百分之五到百分之七的人在接種了麻疹、流行性腮腺炎和風(fēng)疹疫苗之后并沒有產(chǎn)生免疫力。所以如果從這一角度來看的話，那些反對疫苗的人所宣稱的“麻疹流行時注射過疫苗的人比沒有注射過疫苗的人得麻疹的更多”說法也算是正確的。但是有一個例子可以表明，上述的事實不但沒有反駁、甚至還從反面支持了疫苗的接種：
假設(shè)有個村莊里共有1000個村民，其中二十個村民沒有接種過疫苗。麻疹病毒開始流行起來。由于麻疹是傳染性最強(qiáng)的疾病之一，所以有可能沒有注射過疫苗的二十個人都會傳染上麻疹。假使麻疹疫苗的有效保護(hù)率在百分之九十五左右，那么大約會有百分之五的注射過疫苗的人沒有產(chǎn)生免疫力有可能染上麻疹。這樣的話這個村子就有五十名接種過疫苗的人和二十名沒有接種過疫苗的人得了麻疹---也就是差不多三比一的關(guān)系。但是如果所有村民都沒有接種疫苗，那么可能幾乎所有的村民，也就是將近一千個人，都會傳染上麻疹。