果汁中含有豐富的維生素(特別是水溶性維生素)，以及部分常量和微量元素，且口感好，易于飲用，是老少咸宜的飲品，適量飲用(每周不超過3次，每次不超過150毫升)無可厚非。但若過量飲用，就會對健康造成一定的“負面影響”。
1.飲用果汁過多，可能沖淡胃酸，長期大量飲用，可能導致部分人群，特別是嬰幼兒和老年人，出現胃腸不適的癥狀，減弱消化和吸收能力。有調查顯示，每天飲用200毫升以上果汁的兒童中，許多人的身高、體重不但沒有增加，反而比其他同齡人偏低。這是因為果汁飲料中含有過量果糖、山梨酸等難以消化的成分，孩子長期攝入過多，容易慢性腹瀉，造成營養流失，影響孩子的生長發育。
2.果汁在制備過程中，損失了一些營養素，特別是膳食纖維。而水果和部分蔬菜中富含的膳食纖維，對于預防和減少多種疾病，特別是防治胃腸系統病變很有好處。每天大量飲用果汁，并以果汁替代蔬菜和水果，可能造成人體缺乏膳食纖維。
3.果汁飲料是典型的酸性食品，其酸性的代謝產物在體內蓄積過多會導致所謂的“酸性體質”。部分果汁中含有較多的糖分，長期大量飲用容易導致能量攝入超標。此外，果汁飲料中的糖分吸收速率要遠遠快于固體食物中等量的糖分，糖尿病或糖耐量低減的人，大量飲用后會增加血糖波動的風險。
4.果汁和“果味飲料”中的人工色素對人體有一定負面影響。例如，可引起多種過敏反應，如哮喘、鼻炎、蕁麻疹、皮膚瘙癢、神經性頭痛等。對于兒童，人工色素還易沉淀于未發育成熟的消化道黏膜上，干擾多種酶的功能，會使食欲下降、消化不良。