新生兒在出生后不久即排便，糞便呈棕褐色或墨綠色，粘稠，沒有臭味。這種糞便是由胎兒期的腸道分泌物、膽汁及咽下的羊水內所含的胎兒皮脂等組成，所以稱為胎糞。新生兒所有胎糞應在72小時內排清。有少數新生兒出生后兩天兩夜尚無胎糞排出；屬于異常情況，應去醫院檢查看有無消化道畸形或其他原因。
新生兒由于中樞神經系統發育尚未完善，因此對消化道的調節活動不夠穩定。直腸內一有大便積聚就刺激肛門括約肌而隨時引起排便。新生兒大便次數各有不同，有的一天排2-3次，有的每塊所換尿布上都有。大便的性質也不同，有的呈金黃色，有的呈綠色，有較干的，也有較稀的。一般吃母乳的新生兒大便次數比較多，顏色常呈金黃色，質較稀；人工喂養的新生兒大便次數較少，顏色較淡，質較干。只要新生兒吃奶正常，這些都屬于正常大便。如果排出水分多、糞汁少、伴有明顯酸味，或糞便中帶有粘液及血絲，甚至大便呈灰白色等，均屬不正常觀象，該去醫院診治。