不同種類疫苗的禁忌不一樣，接種時應嚴格按疫苗使用說明規定進行接種。同時，兒童家長在每次接種前應如實反映兒童的健康狀況，以減少疫苗接種異常反應的發生。
以下為疫苗接種的一般禁忌癥：
(1)正患發熱、腹瀉等急性疾病的兒童，應暫緩接種疫苗；慢性疾病的急性發作，待好轉后接種。
(2)支氣管哮喘，有食物、藥物或疫苗過敏史的兒童，了解其致敏原后可以考慮接種。
(3)免疫缺陷者、使用免疫抑制劑的兒童，不可使用脊灰、麻疹和卡介苗等活疫苗。注射丙種球蛋白4周后，才能接種活疫苗。
(4)既往接種后有嚴重不良反應的兒童，不可接種同種疫苗。
(5)有癲癇、腦病和腦炎后遺癥等，不能接種百日咳、流腦和乙腦等疫苗。
(6)有重癥慢性病者要暫緩接種或慎重接種。