大部分先天性骨畸形是可以通過有效的手術完全治愈的。選擇最佳手術時機往往能對疾病治療起著至關重要的作用。
先天性馬蹄內翻足：發病率可達1.2—1.6，多為雙側發病，常常合并其他畸形，輕者1歲以內可以進行手法矯正及石膏、外固定支具治療。現在大多主張6個月后即進行軟組織松解術或加用骨性手術，以求治愈。
先天性髖關節脫位：治療越早越好，治療方法不僅簡單，而且效果良好。
先天性脊柱裂：是一種神經系統的發育畸形，需要手術治療。如果出生后發現膨出的硬脊膜已經破裂，應當及時手術。其他的在出生后1—3個月內手術較好，以防病變繼續發展。若是伴隨先天性腦積水，則需要在處理脊柱裂的同時或前、后施行腦脊液分流術。
先天性肌性斜頸：是極為常見的一種畸形，是由于孩子一側胸鎖乳突肌發生攣縮造成的，1歲以內可以進行按摩、戴矯形支具和熱敷、理療等保守治療，如果無效或者保守治療效果不佳，矯正手術應在1歲左右進行。
先天性并指：是常見的手部畸形，多為雙側。手術時機，應當根據并指的嚴重程度來定。較輕的并指和不完全并指的孩子，手術分離應當推遲到5歲以后進行為佳，以防止手指與手術所形成的疤痕不能同步生長而影響手的發育。但嚴重的并指，應當盡早手術。孩子在1歲半以后進行分離手術，經過分期手術可以獲得滿意的效果。
多指畸形：這種畸形往往具有遺傳性，也是嬰幼兒手部常見的先天性畸形之一，凡是多指均應盡早手術切除，以免影響手指的正常發育，切除的時機，大多主張出生后3-4周為宜，一般不應推遲到1歲以后。