什么樣的無痛人流，手術時都可能由于反復鉗刮、吸子宮內膜，使子宮壁變薄，內膜越來越少，不但會引起出血、粘連、生殖道及宮腔感染、子宮穿孔、月經紊亂、閉經、腹痛等十幾種并發癥，還會導致盆腔炎、子宮內膜異位，甚至不孕。而且人流次數越多，危害越大。如果是未成年少女，則更容易導致后遺癥。
更可怕的是，反復流產會使女性未來生育的可能性變小，難以懷孕，而且即使懷上了也容易流掉。更有些無痛人流醫院往往由于設備不齊全，醫護人員不到位，很難保障患者的手術安全。再者一些臨床經驗不足的醫師容易操作不當，造成子宮穿孔等并發癥，由于受術者打了麻藥，感覺不到疼痛，手術醫師不容易發覺，會引起大出血，甚至有生命危險。另外，也會出現漏吸、人流不全、宮腔粘連等并發癥。