在月經周期內不同時期服用緊急避孕藥，可產生三種不同的作用：抑制排卵、干擾受精過程，或阻止受精卵在子宮內著床。當受精卵在子宮內著床，懷孕便正式開始。因此受精卵一旦成功在子宮內著床，緊急避孕藥便不能再產生避孕作用。
服用緊急避孕藥后又發生性行為，緊急避孕藥的效果是否受影響？
服用緊急避孕藥后再次發生性行為如無防護性同房仍有妊娠的可能，所以，服用緊急避孕藥后又發生性行為，必須使用避孕套或其他阻隔避孕法。
另外，如果前次性生活已有受精卵形成且著床已發生，則服用緊急避孕藥后無效。
緊急避孕藥有效率較高，為什么不能取代定期避孕藥如媽富隆呢？
雖然緊急避孕藥在防止非意愿性妊娠的成效很高，但并非百分百奏效。就算使用準確，也有2%的失敗率。
若婦女經常以緊急避孕藥作避孕用途，懷孕機會會比用其它定期避孕方法為高，這亦是避孕藥不能取代定期避孕藥物的原因。