藥物流產過程雖然是一種安全、方便、有效的抗早孕措施，但卻會產生各種副反應和并發癥。副反應主要是由于米索前列醇產生的腸道反應，如惡心、嘔吐和腹瀉，以及體溫調節方面的改變，如發熱、寒戰和潮熱。
另外，流產本身也可發生大量流血、盆腔痙攣性疼痛或其他副反應，如頭痛和疲勞，但是大多數并發癥程度輕，不需特殊處理。有些嚴重的并發癥，如不全流產導致的大出血，需急診清宮；宮外孕破裂需急診手術；嚴重過敏需急救處理等。因此必須嚴格按照常規掌握適應癥、禁忌癥和注意事項。需要注意的是，藥流必須在具備急診刮宮、輸液、輸血等急救條件的醫療機構進行，給服米索前列醇后必須留院觀察。
藥物流產對月經和孕產期也有一定的影響，有藥物流產病史的患者分娩時胎盤粘連的發生率增加。因此藥流只能作為避孕失敗的補救措施，要大力宣傳避孕知識，指導有效的避孕方法，使人們認識到流產對人體健康的影響，以降低孕產期并發癥，切實保障婦女健康。