衛生部26日發布的甲型H1N1流感疫苗預防接種知識答問表明，目前有三類人群明確被禁止接種疫苗。
首先是3歲以下兒童，目前我國批準使用的甲型H1N1流感疫苗適用于3歲以上人群，只在3歲以上人群中開展了臨床試驗，還沒有3歲以下兒童接種甲型H1N1流感疫苗安全性和有效性的數據，因此3歲以下的兒童目前不可以接種。
甲型H1N1流感疫苗是否在幼兒園兒童中接種？對此衛生部表示，將綜合考慮疫情流行情況、疫苗供應量、兒童年齡(3歲以上兒童可以接種)等多項因素，由省級衛生行政部門決定。
第二，甲型H1N1流感疫苗的禁忌證為患急性疾病、嚴重慢性疾病、慢性疾病的急性發作期，因此如腎病綜合征患者處于急性發作期或者程度較嚴重則應禁止接種。
第三，普通的季節性流感疫苗和甲型H1N1流感疫苗的制作工藝基本相同，因此對普通季節性流感疫苗過敏的人不能接種甲型H1N1流感疫苗；有雞蛋過敏史、接種疫苗過敏史及其他嚴重過敏史的受種者禁止接種甲型H1N1流感疫苗，有其他過敏史者應在臨床醫生的指導下慎重決定是否接種甲型H1N1流感疫苗。