注射甲流疫苗后的保護率可達80%以上。接種的收益明顯高于風險。對于有條件接種疫苗的人，當然是接種為好。
不過，任何一種疫苗都有產生不良反應的可能性。甲流疫苗是把甲流病毒接種到最適合它生長的雞胚(也就是民間所說的“毛雞蛋”)里。憑借著雞蛋里的豐富營養，病毒迅速生長繁殖。之后再把這些病毒提取出來，加入滅活劑，使它們失去引發疾病的能力，但仍然保留了刺激人體免疫系統產生抗體的能力；最后再制成可以用于人體的疫苗。
在疫苗制作中，不可避免地會殘留少量雞蛋中的蛋白質，還有可能加入微量有利于疫苗質量穩定的佐劑。這些物質有可能成為過敏源或抗原，引起人體過敏等不良反應。所以，疫苗接種后出現注射部位紅腫、全身皮疹和發熱等反應很正常，幾天后就會自愈。目前，各國接種甲流疫苗的嚴重不良反應極為罕見。
但對雞蛋和硫柳汞過敏的人、以往接種過季節性疫苗并發生過敏反應的人、對硫酸慶大霉素過敏的人和嚴重過敏體質者不宜接種甲流疫苗。還需要提醒的是，接種一定要在指定的接種點或醫療單位進行，千萬不要私自接種。
另一個讓不少人憂心的問題是，對一些長期服藥的慢性病患者而言，甲流疫苗是否會對所服的藥物產生影響。
目前還沒有監測到疫苗對一些治療藥物的影響。檢索國內外醫學文獻，以往的流感疫苗偶爾可與茶堿、華法林和苯妥英等藥物相互影響，降低這些藥物在體內的代謝，使血中藥物濃度升高，造成毒性反應。因此，新西蘭醫療安全網引用近期《現代醫生》中的文章，提醒醫生要警惕那些在接受抗癲癇藥、茶堿類藥和華法林藥物治療的病人，在接種流感疫苗時所表現出來的毒性反應；正在接受這些藥物治療的患者在接種甲流疫苗后的一個月內，要注意監測血藥濃度，根據血藥濃度及時調整原有藥物的治療劑量。另外，使用免疫抑制劑的患者注射甲流疫苗可能會影響疫苗的效果。
最近有報道認為，接種甲流疫苗之后兩周內如無特殊情況，盡量不要使用抗病毒藥物。因此，一些正在進行抗病毒治療的乙肝患者對此產生了疑問：他們在抗病毒治療期間能否接種流感疫苗？如果接種疫苗，是否應暫停服用乙肝抗病毒藥物？
對于藥物是否會影響甲流疫苗的免疫效果，目前尚無確鑿的證據。乙肝屬于必須堅持治療的疾病，而流感屬于需要預防的疾病，兩者比較，治療疾病比預防疾病更重要。一旦中斷治療，很可能使肝病加重；還有可能因反復停藥而導致病毒耐藥。另外，流感病毒屬于核糖核酸(RNA)病毒，乙肝病毒屬于脫氧核糖核酸(DNA)病毒，目前的抗乙肝病毒藥物對流感病毒沒有作用。
因此，正在進行抗病毒治療的慢性乙肝患者千萬不要因為注射甲流疫苗而盲目停藥。但使用干擾素治療的乙肝患者，由于干擾素也有引起發熱等反應的可能性，因此，最好不要在干擾素治療期間注射甲流疫苗，以免加重或增加不良反應發生的風險。